காயங்கேணியைச் சுற்றியுள்ள பவளப்பாறைகள் மற்றும் பிற உணர்திறன் வாய்ந்த கடல் வாழ்விடங்கள் பல மனித மற்றும் இயற்கை தாக்கங்களால் அச்சுறுத்தப்படுகின்றன. நேரடி மனித தாக்கங்கள் இலங்கையின் பல பகுதிகளை விட ஒப்பீட்டளவில் குறைவாக இருந்தாலும், தற்போது இருக்கும் அச்சுறுத்தல்களை நிர்வகிப்பது காயங்கேணி கடல் சரணாலயத்தின் நீண்டகாலப் பாதுகாப்பிற்கு முக்கியமானதாகும்.
குழுமங்கள், ஸ்னாப்பர்கள், கிளிமீன்கள் மற்றும் பிற ரீஃப் மீன்களுக்கான ஏற்றுமதி இயக்கப்படும் மீன்வளம் இந்த இனங்களின் மக்கள்தொகையில் தாக்கத்தை ஏற்படுத்தும். சில மீன்பிடி முறைகள் பவளப்பாறைகளுக்கு சேதம் விளைவிக்கும். அவற்றில் முதன்மையாக கீழே அமைக்கப்பட்ட வலைகள் பவளப்பாறைகளின் சிக்கலையும் சேதத்தையும் விளைவிக்கும். MPA க்குள் நடைமுறையில் இல்லாவிட்டாலும் வெடிமருந்துகளைப் பயன்படுத்தி சட்டவிரோத மீன்பிடித்தல் MPA க்கு வெளியே ஒரு பெரிய பிரச்சனையாகும், மேலும் இது மீன்களின் மக்கள்தொகை மற்றும் வாழ்விடங்களில் பெரும் தாக்கத்தை ஏற்படுத்தும்.
மீன்பிடி வலைகளில் ஆமைகள் போன்ற இனங்கள் தற்செயலாகப் பிடிக்கப்படுவது கவலைக்குரியது, அதே சமயம் ஆமைக் கூடுகளும் வீட்டு நாய்களால் அச்சுறுத்தலுக்கு உள்ளாகின்றன. சுற்றியுள்ள பகுதியில் மீன்வளர்ப்பு வளர்ச்சியானது, அதிக அளவு ஊட்டச்சத்துக்கள், பிற மாசுக்கள் மற்றும் நோய்க்கிருமிகள் ஆகியவற்றைக் கொண்ட கழிவுகளை நீர்வழிகளில் வெளியிடுவதன் மூலம் மறைமுக தாக்கங்களை ஏற்படுத்தலாம், அவை இறுதியில் கடலைச் சென்றடையும். அதேபோன்று மாதுரு ஓயா பள்ளத்தாக்கில் விவசாயத்தின் அதிக அளவு வண்டல் மற்றும் ஊட்டச்சத்துக்கள் இறுதியில் வாழைச்சேனை முகத்துவாரம் வழியாக கரையோர நீரில் விடப்படுகின்றன. இதனால் பாசி வளர்ச்சி அதிகரித்து, நோய் பரவி, பவளப்பாறை மறைந்துவிடும்.
கூடுதலாக, இப்பகுதியில் உள்ள பவளப்பாறைகளுக்கு பல பெரிய இயற்கை அச்சுறுத்தல்கள் உள்ளன. அதிகரித்த கடல் வெப்பநிலை காரணமாக பவளப்பாறை வெளுப்பது உலகெங்கிலும் உள்ள பவளப்பாறைகளுக்கு ஒரு முக்கிய கவலையாக உள்ளது. 2016 மற்றும் 2019 ஆம் ஆண்டுகளில் முக்கிய ப்ளீச்சிங் நிகழ்வுகளுடன் 2015 - 2019 வரை ஒவ்வொரு ஆண்டும் காயங்கேர்னியில் பவள வெளுப்பு பதிவு செய்யப்பட்டுள்ளது. 2016 ஆம் ஆண்டில் பவள இறப்பு ஒப்பீட்டளவில் குறைவாக இருந்தபோதிலும், 2019 இல் குறிப்பிடத்தக்க பவள இறப்பு இருந்தது, இதன் விளைவாக பாறைகளின் சில பகுதிகள் 90% க்கும் அதிகமாக இழந்தன. நேரடி பவள உறை. மற்ற இயற்கை தாக்கங்களில் ஆக்கிரமிப்பு இனங்களான பவள உண்ணும் கிரவுன் ஆஃப் தார்ன்ஸ் ஸ்டார்ஃபிஷ் மற்றும் ஹலிமேடா மற்றும் கௌலர்பா போன்ற பாசிகளின் பரவல் ஆகியவை தண்ணீரின் தரத்தில் ஏற்படும் மாற்றங்களுடன் தொடர்புடையதாக இருக்கலாம்.