කායන්කර්නි අවට කොරල්පර සහ අනෙකුත් සංවේදී සාගර පරිසර කළාප මානව හා ස්වභාවික බලපෑම් ගණනාවකින් තර්ජනයට ලක්ව ඇත. ශ්‍රී ලංකාවේ, අනෙකුත් බොහෝ ප්‍රදේශ වලට වඩා සෘජු මානව බලපෑම් සාපේක්ෂව අඩු වුවද දැනට පවතින තර්ජන කළමනාකරණය කිරීම කායන්කර්නි සමුද්‍ර අභයභූමියේ දිගුකාලීන සංරක්ෂණය සඳහා ඉතා වැදගත් වේ.
කොස්සන් (Groupers), රන්නන් (Snappers), ගිරා මසුන් (Parrot fish) සහ අනෙකුත් කොරල් පර ආශ්‍රිත මත්ස්‍යයන් අපනයනය සඳහා කරන ලද ධීවර කර්මාන්තය මෙම විශේෂවල ගහනය සඳහා බලපෑම් ඇති කළ හැකිය. සමහර මසුන් ඇල්ලීමේ ක්‍රම මගින් කොරල්පර වලටද හානි සිදු විය හැක. මූලික වශයෙන් කොරල්පර වල පැටලීමට හා හානි වීමට හේතු වන මුහුදු පතුලේ සවි කරන දැල් ඒවා අතර වේ. සමුද්‍ර අභයභූමිය තුළ පුපුරණ ද්‍රව්‍ය භාවිතයෙන් නීති විරෝධී මසුන් ඇල්ලීම සිදු නොකළද සමුද්‍ර අභයභූමියට පිටතින් පුපුරණ ද්‍රව්‍ය භාවිතයෙන් නීති විරෝධී මසුන් ඇල්ලීම ප්‍රධාන ගැටලුවක් වන අතර එය මත්ස්‍ය ගහනය සහ වාසස්ථාන කෙරෙහි විශාල බලපෑමක් ඇති කළ හැකිය.
මසුන් ඇල්ලීමේ දැල්වල කැස්බෑවන් වැනි විශේෂ පැටලීම පිළිබඳව සැලකිලිමත් විය යුතු අතර කැස්බෑවන්ගේ බිත්තර ගෘහාශ්‍රිත සුනඛයන්ගේ තර්ජනයට ලක්ව ඇත. අවට ප්‍රදේශයේ ජලජීවී වගා ක්ෂේත්‍රයේ වර්ධනයත් සමඟ ඉහළ පෝෂක, අනෙකුත් දූෂක සහ රෝග කාරක අඩංගු අපද්‍රව්‍ය අවසානයේ මුහුද සමඟ සම්බන්ධ වන ජල මාර්ගවලට මුදා හැරීම හරහා වක්‍ර බලපෑම් ඇති කළ හැකිය. එලෙසම මාදුරුඔය ද්‍රෝණියේ කෘෂිකර්මාන්ත කටයුතු වලින් නිකුත් වන අධික අවසාදිත හා පෝෂ්‍ය පදාර්ථ අවසානයේ වාලච්චේන මෝය හරහා වෙරළබඩ ජලයට මුදා හැරේ. මෙමගින් ඇල්ගී වර්ධනය වැඩි වීම, රෝග පැතිරීම සහ කොරල්පර විනාශ වීම සිදු විය හැක.
මීට අමතරව ප්‍රදේශයේ කොරල්පර සඳහා ප්‍රධාන ස්වභාවික තර්ජන කිහිපයක් තිබේ. මුහුදු ජලයේ උෂ්ණත්වය ඉහළ යාම හේතුවෙන් කොරල්පර විරංජනය වීම ලොව පුරා කොරල්පර සඳහා ඇති ප්‍රධාන ගැටලුවකි. 2016 සහ 2019 දී ප්‍රධාන විරංජන සිදුවීම් සමඟ 2015 - 2019 සිට සෑම වසරකම කොරල්පර විරංජනය වාර්තා වී ඇත. කොරල්පර මරණයට පත්වීම 2016 දී සාපේක්ෂව අඩු වුවද 2019 දී සැලකිය යුතු කොරල් මරණ අනුපාතයක් ඇති වූ අතර එහි ප්‍රතිඵලයක් ලෙස කොරල්පරයේ සමහර කොටස් වල සජීවී කොරල් ආවරණය 90% ට වඩා අහිමි විය. අනෙකුත් ස්වභාවික බලපෑම් අතර කොරල්පර අනුභව කරන ක්‍රවුන් ඔෆ් තෝර්න්ස් තාරකා මසුන් වැනි ආක්‍රමණශීලී විශේෂ සහ ජලයේ ගුණාත්මක භාවයේ වෙනස්වීම් සමඟ බලපෑම් ඇතිකළ හැකි හලිමෙඩා සහ කොලර්පා වැනි ඇල්ගී පැතිරීම ඇතුළත් වේ.